Bir müdahalenin etkisini görmek için yalnız tedaviyi eksiksiz uygulayanları karşılaştırmanın daha doğru olduğu varsayılabilir. Tedavi niyeti analizi, randomize edilen katılımcıları sonradan aldıkları tedaviye, uyuma veya grup değiştirmeye bakmaksızın başlangıçta atandıkları gruplarda karşılaştırma ilkesidir. Böylece randomizasyonun dengelemeyi amaçladığı bilinen ve bilinmeyen özellikler, analiz aşamasındaki seçici dışlamalarla kolayca yeniden dağıtılmaz. Ancak bu yaklaşım eksik sonuç verisini kendiliğinden tamamlamaz; her protokol sapmasını da önemsiz kılmaz.
Yalnız tedaviye uyanları incelemek daha “saf” bir karşılaştırma gibi görünebilir, fakat uyum çoğu zaman sağlık durumu, yan etkiler veya yaşam koşullarıyla bağlantılıdır; grupları sonradan bu özelliğe göre ayırmak yeni karıştırıcılık üretebilir. Tedavi niyeti analizi esas olarak tedaviye atanmanın, yani bir tedavi politikasının etkisini tahmin eder; tedaviyi gerçekten alanlardaki biyolojik etkiyle aynı soruyu yanıtlamak zorunda değildir. Daha kullanışlı okuma, sonucu tek etiketle kutsamak yerine eksik veriyi, gruplar arası geçişi, hedeflenen etkiyi ve tamamlayıcı analizlerin varsayımlarını birlikte göstermektir; hangi tahminin karar için daha uygun olduğu bağlama açık kalır.