Tedaviyi gerçekten alanları karşılaştırmanın her zaman daha doğru olduğu düşünülür; oysa randomize bir çalışmada bu seçim, başlangıçta kurulan karşılaştırmayı bozabilir. Tedavi niyetine göre analiz, katılımcıları tedaviyi bırakmış, başka seçeneğe geçmiş veya plana tam uymamış olsalar bile başlangıçta rastgele atandıkları grupta değerlendirir. Böylece randomizasyonun bilinen ve bilinmeyen başlangıç özelliklerini dengeleme avantajını mümkün olduğunca korur ve çoğunlukla tedaviye atanmanın, yani bir tedavi stratejisi sunmanın etkisini tahmin eder. Bu yaklaşım fiilen alınan tedavinin biyolojik etkisini doğrudan vermez; uyumsuzluk ve gruplar arası geçiş farkı seyreltebilir. Üstelik sonuç verisi kayıpsa kişiyi atandığı grupta saymak tek başına yeterli değildir: kaybın nedeni ve eksik veri varsayımları yine incelenmelidir. Protokole uyanlarla yapılan analiz daha temiz bir hasta grubu değil, seçilme ve karıştırıcılığa daha açık başka bir sorudur.