Mikrohabitat, daha geniş bir habitatın içinde sıcaklık, nem, ışık, yüzey yapısı ya da örtü bakımından yakın çevresinden ayrılan ve bir canlının belirli yaşam evresinde kullandığı küçük ölçekli alandır. Taş altı, ağaç kovuğu veya yaprak çürüntüsü aynı alan içinde farklı kuruma ve ısınma ritimleri taşıyabilir; haritada tek renk görünen yer, canlı için tek koşul değildir. Bir noktanın sığınak sayılması görünüşüne değil, ilgili türün ve mevsimin tekrarlı kullanım kayıtlarına bağlıdır.