Mikrohabitat, daha geniş bir habitatın içinde sıcaklık, nem, ışık, yüzey yapısı veya örtü bakımından çevresinden ayrılan küçük yaşam alanıdır. Taşın altı, ağaç kabuğundaki yarık, çürüyen bir kütük ya da duvar dibindeki gölgeli toprak farklı türlere barınma, beslenme veya üreme koşulu sağlayabilir.
Aynı bahçede güneş gören çıplak zemin hızla kururken yaprak örtüsü altındaki nem daha uzun kalabilir; böylece birkaç adımlık mesafe, küçük canlılar için bambaşka bir mevsim takvimine dönüşür. Mikrohabitatın işlevi yalnız görünüşünden değil, koşulların sürekliliğinden ve onu kullanan türlerden anlaşılır.