Habitat matrisi, habitat parçalarını çevreleyen ve canlıların bu parçalar arasındaki hareketini kolaylaştıran ya da zorlaştıran baskın arazi örtüsüdür. Aynı tarım alanı uçabilen bir tür için geçirgen, nemli zemine bağımlı küçük bir canlı için sert bir engel olabilir. Bu yüzden bağlantı, yalnız koridorun varlığıyla değil matrisin tür ölçeğindeki geçirgenliğiyle birlikte okunur.