üç boyutlu mikroskop, nesnenin yalnız büyütülmüş görüntüsünü değil, yüzeyindeki yükseklik farklarını ve parçalar arasındaki derinlik ilişkisini de göstermeye çalışan mikroskop düzenidir. stereo görüntü çiftlerinden derinlik çıkarabilir ya da farklı odak düzlemlerini birleştirerek yükseklik haritası üretebilir; kullanılan optik ve yazılım yönteme göre değişir. lehim köprüsü, çatlak veya bir parçanın karta göre yükselmesi gibi kusurlarda bu bilgi işe yarar. parlak metal yüzey, gölge ve sınırlı görüş açısı ölçümü yanıltabilir.