Beynin yapısını ya da işleyişle ilişkili kan akımı ve metabolik değişimleri görüntülemeye yarayan yöntemlerin ortak adı. MRI daha çok yapısal ayrıntı sunarken fMRI ve PET işlevsel süreçler hakkında dolaylı sinyaller üretir; ortaya çıkan harita düşüncenin fotoğrafı değil, ölçülmüş biyolojik göstergelerin yorumudur.